Stephen John Emery nació en Brentwood, Essex. Estudió en la Escuela San Martín y se graduó en la London Academy of Music and Dramatic Art.

Se convirtió en el primer patrocinador del teatro Brentwood en octubre de 2007.

Tiene dos hijos nacidos de dos relaciones anteriores; Billy (2000) y Lilac (2002), esta última es hija de la escritora británica Lorien Haynes con la que rompió su relación en 2006.

En febrero de 2009, Stephen Moyer confirmó que estaba saliendo y viviendo con Anna Paquin, su compañera en True Blood, desde que grabaron el episodio piloto en el verano de 2007. A principios de agosto 2009 anunciaron que estaban prometidos para finalmente casarse en Malibú el 21 de agosto del siguiente año. Actualmente Stephen reparte su tiempo entre Los Ángeles, donde trabaja y vive con su mujer, e Inglaterra, donde viven sus hijos.

En enero de 2010 la revista GQ británica le nombró el número 41 de los 50 hombres mejor vestidos de 2009.