Toby Jones nació el 7 de septiembre de 1967 en Oxford, Inglaterra, hijo de Jennifer Heslewood y del famoso actor Freddie Jones, con quien apareció en la película Ladies in Lavender. Sus hermanos son Rupert Jones, un director, y Caspar Jones, quien también es actor. Estudió en Abingdon School en Oxfordshire en la década de 1980. También realizo estudios de arte dramático en la Universidad de Manchester durante 1986-1989.